Laguna e Butrintit ndodhet ne detin Jon. Ajo perfaqeson pjesen me jugore te bregdetit shqiptar. ka nje siperfaqe prej 1630 Ha dhe lidhet me detin nepermjet nje kanali. ne pjesen jug-lindore ndodhet gjithashtu nje kanal tjeter qe lidh kete lagune me liqenin e Rrezes. ne kete lagune derdhen edhe ujerat e lumit Bistrica nepermjet nje kanali te komanduar. Kripshmeria ne lagune shkon nga 13‰ deri 26 ‰. Temperaturat variojne nga 12°C - 27°C.

 Ne lagune aktiviteti i peshkimit menaxhohet nga Ndermarrja e Rritjes se midhjeve dhe Zenies se Peshkut dhe eshte krijuar gjithashtu edhe OMP Butrint. Prodhimi i peshkut llogaritet ne 96 ton ne vit. Speciet kryesore ne lagune jane qefujt, kocja, levreku.

 Aktiviteti kryesor ne kete lagune perfaqesohet nga akuakultura e midhjeve, tipike, nepermjet impanteve fikse si dhe atyre lundrues. Para viteve 1990 prodhimi i midhjeve ishte ne 3000 - 4000 ton ne vit. Pas krizes distrofike te vitit 1992  dhe mbylljes se eksportit prodhimi i midhjeve ra ne menyre te ndjeshme.  Prodhimi i midhjeve ne tre vjetet fundit ka ardhur ne rritje duke shkuar deri ne 1280 ton ne vit me tendenca ne rritje, cdo vit.